Tag: scipy

Interpolation und Extrapolation für große Arrays

Ich habe ein großes Array y auf einem ungleichmäßigen, geordneten Raster x . Die Länge des Arrays ist typischerweise N ~ 2 ^ 14 bis N ~ 2 ^ 18. Ich möchte eine Spline-Interpolation (oder quadratisch) des Arrays bekommen. Das Problem, dem ich gegenüberstehe, ist, dass auch für niedrigere Werte von N die Interpolation sehr […]

Anpassung einer Verteilung mit dem Histogramm mit scipy

Ich möchte eine Verteilung mit scipy (in meinem Fall, mit weibull_min) zu meinen Daten passen. Ist es möglich, dies mit dem Histogramm zu tun, und nicht die Datenpunkte? In meinem Fall, weil das Histogramm Integer-Bins von Größe 1 hat, weiß ich, dass ich meine Daten auf folgende Weise extrapolieren kann: import numpy as np orig_hist […]

Überprüfen Sie, ob ein spätester Matrixeintrag vorhanden ist

Ich initialisiere eine leere spärliche Matrix mit S = scipy.sparse.lil_matrix((n,n),dtype=int) Wie erwartet print S nicht etwas, da nichts zugewiesen wurde. Doch wenn ich teste: print S[0,0]==0 Ich werde true Gibt es eine Möglichkeit zu testen, ob ein Wert vorher gesetzt wurde? Z. B. nach den Zeilen von ifempty ?

3D-Extrapolation in Python (grundsätzlich scipy.griddata erweitert um extrapolieren)

Ich benutze die griddata Funktion in scipy, um 3 und 4 dimensionale Daten zu interpolieren. Es funktioniert wie ein Champion, außer dass es ein paar NaNs zurückgibt, weil einige der Punkte, die ich brauche, außerhalb des Bereichs der Eingangsdaten sind. Angesichts der Tatsache, dass Nd-Daten nur mit der "linearen" Modus-Interpolation sowieso arbeiten, sollte es ein […]

Kurvenanpassung durch eine Summe von Gaußern mit Scipy

Ich mache Bioinformatik und wir ordnen kleine RNA auf mRNA. Wir haben die Mapping-Koordinate eines Proteins auf jeder mRNA und wir berechnen den relativen Abstand zwischen dem Ort, an dem das Protein die mRNA und die Stelle, die durch eine kleine RNA gebunden ist, gebunden hat. Ich erhalte den folgenden Datensatz: dist eff -69 3 […]

Glatt eine Trajektorie mit splrep

Von einer Videoaufzeichnung war es möglich, die Trajektorie des Kopfes eines Fußgängers, der sich durch einen Engpass bewegt, zu extrahieren. Da die Fußgänger beim Bewegen der Trajektorie schwanken, gibt es böse Schwingungen, die ich beseitigen möchte. (Der Glättungsalgorithmus ist für diese Frage nicht relevant) Die Ergebnisse sind in dieser Figur dargestellt . Also, mein Ziel […]

Quartiles in Pandas bekommen, wenn Daten eine geringe Varianz haben

Ich bin mir nicht sicher, ob mein Problem lösbar ist, aber ich würde es versuchen. Eine Suche gab kein Ergebnis, jedenfalls. Die Aufgabe: Ich habe einen großartigen Datensatz – ca. 40k Elemente. Diese werden in Bezug auf die Vertrautheit von Ratern bewertet (dh wenn ein Artikel ein Rating von 0,75 hat, bedeutet dies, dass 75% […]

Gibt es eine scipy / numpy Alternative zu R's nrd0?

Von der R-Dokumentation … Bw.nrd0 implementiert eine Faustregel für die Wahl der Bandbreite eines Gaußschen Kernel-Dichte-Schätzers. Es wird standardmäßig auf das 0,9-fache des Minimums der Standardabweichung und des Interquartilbereichs geteilt durch das 1,34-fache der Stichprobengröße auf die negative eins-fünfte Potenz (= Silverman's 'Faustregel', Silverman (1986, Seite 48, Gleichung (3.31)) Es sei denn, die Quartiere fallen […]

Integration in Fourier- oder Zeitbereich

Ich kämpfe um ein Problem mit der numerischen Integration eines Signals zu verstehen. Grundsätzlich habe ich ein Signal, das ich gerne integrieren oder ausführen und antiderivativ als Funktion der Zeit (Integration der Pick-up-Spule für das Magnetfeld). Ich habe zwei verschiedene Methoden ausprobiert, die grundsätzlich konsequent sein sollten, aber nicht. Der Code, den ich verwende, ist […]

Scipy LU-Faktorisierungs-Permutationsmatrix

Wie ich die LU-Faktorisierung verstehe, bedeutet dies, dass eine Matrix A als A = LU für eine niederdreieckige Matrix L und eine obere Dreiecksmatrix U geschrieben werden kann. Allerdings scheinen die Funktionen, die sich auf LU-Faktorisierungen beziehen ( lu , lu_factor , lu_solve ), eine dritte Matrix P, so dass A = PLU und P […]

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